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        RRBS簡介

        • 分類:行業新聞
        • 作者:
        • 來源:
        • 發布時間:2021-07-30 14:35
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        【概要描述】DNA甲基化修飾參與多種生物過程的調控,涉及多種人類疾病,已成為重要的表觀修飾之一。目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人員可以根據實驗目的選擇好的的研究方案。

        RRBS簡介

        【概要描述】DNA甲基化修飾參與多種生物過程的調控,涉及多種人類疾病,已成為重要的表觀修飾之一。目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人員可以根據實驗目的選擇好的的研究方案。

        • 分類:行業新聞
        • 作者:
        • 來源:
        • 發布時間:2021-07-30 14:35
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          DNA甲基化修飾參與多種生物過程的調控,涉及多種人類疾病,已成為重要的表觀修飾之一。

          目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人員可以根據實驗目的選擇好的的研究方案。 許多研究人員希望能夠準確測定樣品中的甲基化胞嘧啶位點,并定量比較不同樣品在特定位點的甲基化水平。

          WGBS(Whole Genome Methylation Sequencing)可以實現全基因組水平的單核苷酸分辨率DNA甲基化分析。 然而,由于全基因組測序和生物信息分析耗時長、成本高,許多研究人員逐漸開始選擇RRBS進行基因組DNA甲基化研究。

          什么是RRBS(簡并代表性亞硫酸鹽測序)

          RRBS 是一種 DNA 甲基化研究方法,可在基因組水平上實現單核苷酸分辨率。 與 WGBS 的不同之處在于 RRBS 使用限制酶定位和選擇富含 DNA 甲基化的基因組亞基進行研究。 與選擇全基因組研究甲基化的WGBS相比,RRBS可以幫助研究人員節省大量的測序工作。 成本。

          RRBS 歷史

          RRBS 由懷特黑德研究所的 Alex Meissner 和 Rudolf Jaenisch 實驗室于 2005 年發表在 Nucleic Acid Research 上。 他們初步的目標是發現一種分析方法,可以在全基因組水平上大范圍、高分辨率地研究 DNA 甲基化序列。

          為了證實這項技術的準確性,Jaenisch 團隊使用正常小鼠胚胎干細胞和三組缺乏 DNA 甲基轉移酶 Dnmt3a 和 3b 以及 Dnmt1 的胚胎干細胞來比較樣本之間甲基化水平的差異。 實驗中以BgIII作為DNA甲基化限制性內切酶消化基因組DNA,然后分離得到長度為500-600bp,用于文庫構建和測序。 文章中研究人員使用的Sanger測序技術早于NGS。

          目前,RRBS 方法和協議也得到了優化和改進。 首先,MspI 替代 BgIII 作為限制性內切酶來富集 CpG,可以覆蓋更多的 CpG 位點。 也有報道稱,使用其他限制性內切酶也可以獲得更好的富集效果。 隨著DNA測序技術的不斷發展,NGS逐漸取代了Sanger。 2011年,Alex Meissner團隊發表了基于NGS技術的RRBS研究方法。 2015年將RRBS方法應用于單細胞甲基化分析,解決了異質細胞群的表觀基因組研究問題。

          RRBS方法已在同行業數百種期刊發表,并多次被高影響因子期刊引用,研究DNA甲基化對紅細胞生成、亨廷頓病和B細胞活化的影響。


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