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      1. 這是描述信息

        TET-重亞硫酸鹽測序(TAB-seq)

        項目介紹
        參數
        常見問題
        應用案例

         

        TAB-Seq單堿基分辨率羥甲基化檢測

         

        羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

        重亞硫酸鹽測序并不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC5hmC兩種修飾的混合信號,

        TET輔助重亞硫酸鹽測序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化),

        5mCC被脫氨基成尿嘧啶,進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。

         

         

        用心服務每一個項目

        專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

        較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內首家推出多種組合的解決方案;

        嚴格的TAB-seq文庫構建質控,Bisulfite轉化率>99%;

        已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及TAB-seq測序分析;

        助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;

        專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

         

        科學方案設計

        從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

        每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

         

         

        樣本類型和要求

        樣本類型 /文庫類型

        樣本要求

        基因組DNA (TAB-WGBS)

        總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

        基因組DNA (TAB-RRBS)

        總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

        細胞、全血、新鮮冷凍組織等

        按照送樣要求準備

        備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

         

        信息分析

        TAB-seq

        分析內容

        備注

        標準分析

        1、測序數據質量評估

        過濾掉低質量數據,保證數據質量

        2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估

        通過內參進行質控文庫

        3、與參考基因組比對

        比對率和覆蓋度分析

        4、5hmC位點Calling

        評估胞嘧啶甲基化狀態

        5、5hmC圖譜分析

        5hmC在基因組、功能元件上的分布

        6、組間差異DhMR分析

        尋找DhMR及注釋

        7、差異5hmC基因分析

        DMG富集分析GO,KEGG

        8、多樣本聚類分析

        PCA分析多樣本5hmC變化規律

        高級分析

        9、多組學整合關聯分析

        例如與轉錄組關聯分析

        10、其它定制化分析

        結合課題背景亮點挖掘

         

        未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

         

        例分析:人腦中全基因組5hmC5mC單堿基分辨率研究

        Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain. Genome Biol. 2014;4;15(3):R49.

        一、研究背景

        5-甲基胞嘧啶(5mC)可被Tet家族的酶氧化成5-羥甲基胞嘧啶(5hmC),它是5mC脫甲基的中間體,也是影響染色質結構穩定的表觀遺傳修飾。5hmC在哺乳動物大腦中特別豐富,但其功能目前尚不清楚。為了全面了解5hmC在人腦中的功能,需要一個高分辨率的羥甲基圖。

        二、方法流程

        取材:1個成年和1個胎兒腦前額皮質

        測序:TET-全基因組亞硫酸鹽測序(TAB-WGBS)

                   TET-簡化基因組亞硫酸鹽測序(TAB-RRBS)

                    全基因組甲基化測序(WGBS)

                    轉錄組測序(RNA-Seq)

        驗證:HPLC-MS/MS: 整體羥甲基化水平

        三、研究結果

        1、通過聯合應用Tet輔助亞硫酸氫鹽測序和亞硫酸氫鹽測序,獲得了人腦中5hmC5mC的全基因組單堿基分辨率圖;

        2、5hmC從胎兒期到成年期明顯增加,并且在成人腦中13%CpG高度羥甲基化,在遺傳區域和遠端調節元件富集;

        3、5hmC峰分布在外顯子-內含子邊界的剪接位點,表明5hmC與剪接之間存在聯系;

        4、轉錄相關5hmC對基因body正義鏈的偏向和5mC對反義鏈的偏向;

        5、5hmCH3K27me3H3K9me3標記的抑制性基因組區域呈負相關,且在穩定增強子處富集程度高于活性增強子。

        四、研究結論

        提供單堿基分辨率的人腦5hmC5mC圖譜,分析結果暗示5hmC在調節剪接和基因表達方面具有新的作用。羥甲基化大部分位于穩定增強子和主動轉錄區的CpG位點,表明其在這些區域的表觀遺傳調控中的作用。

         

        人腦中的堿基分辨羥甲基化和甲基化譜

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